在这次变局中兴起的穆斯林兄弟会（以下简称“穆兄会”）等伊斯兰主义势力与卡塔尔向来有着不错的关系，卡塔尔通过支持这些伊斯兰主义势力，希望在这些剧变国家拥有更大的影响力。埃及前总统穆巴拉克下台后，穆兄会候选人穆尔西在当选埃及总统，卡塔尔随后向埃及提供了大量经济援助，两国关系进入蜜月。

可惜好景不长，2013年7月，穆尔西被埃及军方解除职务。随后上台的新政府将卡塔尔看作威胁国家安全稳定的外部势力，对半岛台等卡塔尔媒体也采取打压措施，两国关系急转直下。沙特、阿联酋等海合会国家在剧变中的立场也与卡塔尔全然相反，双方之间产生了矛盾。

沙特、阿联酋对伊斯兰主义势力的上升充满戒心，不希望看到穆兄会上台，支持埃及军方革除穆兄会。而卡塔尔则指责埃及军方发动“政变”、推翻民选政府。沙特、阿联酋、埃及对卡塔尔的“亲穆兄会”政策十分不满，要求卡塔尔停止庇护和支持穆兄会。

这一矛盾在2014年达到顶峰。当年5月，沙特、阿联酋和巴林宣布召回驻卡塔尔大使，以抗议卡塔尔“干涉内政”。虽然卡塔尔表示不允许有人利用卡塔尔领土颠覆他国政权，随后与沙、阿等国缓和了关系，但并没有驱逐居留在卡塔尔的穆兄会成员，双方之间的矛盾没有彻底化解。

穆罕默德·穆尔西（Mohamed Morsi） 

未来关系难预料

卡塔尔的外交政策虽然几经调整，但有一点没有改变过，那就是和美国的盟友关系。卡塔尔不仅为美国提供军事基地，还是美军中央司令部的所在地。美国总统特朗普称赞卡塔尔是打击恐怖主义的“战略伙伴”。不过，来自沙特、阿联酋、埃及等国和华盛顿的一些声音却认为美国应该促使卡塔尔放弃支持伊斯兰主义运动和庇护穆兄会。

5月23日，在华盛顿举办的一场会议上，美国前防长盖茨建议特朗普政府提醒卡塔尔，如果对方继续支持恐怖主义活动，美国有可能将军事基地的选址移至其它海合会国家。前大使丹尼斯·罗斯最近在一篇文章中写道，卡塔尔在打击恐怖主义上不是美国的盟友，美国应该表明可能将中央司令部迁往别处，除非卡塔尔成为“一位真诚的伙伴，而不是助长我们需要抗争的威胁的话”。